Na pierwszy rzut oka można stwierdzić, że muzeum działa na podobnych zasadach co zoo. Gdy już odblokujesz je na 3. poziomie mieszkalnym (Rzemieślnicy), budowę rozpoczynasz od wzniesienia głównego wejścia/gmachu muzeum, po czym zaczynasz dobierać moduły, w których będą mieściły się różne ekspozycje. Moduły mogą być połączone tylko jednym polem, co zapewnia ci sporą swobodę w planowaniu idealnego rozkładu pomieszczeń. W tamtych czasach bezcennymi starożytnymi posągami często dekorowano nawet parki, chętnie odwiedzane przez spacerowiczów.
Podczas gdy w zoo nasze oko cieszą głównie niezliczone gatunki animowanych zwierząt, w muzeum mamy dostęp do szeregu różnych budowli, takich jak ruiny świątyń, starożytne mozaiki, a nawet szkielety dinozaurów. Przedmioty niższego poziomu, takie jak amulety, zabytkowe miecze czy inne drobne artefakty będą wystawiane w różnych, dopasowanych tematycznie pomieszczeniach, a każdy z nich będzie miał własną, wyjątkową grafikę 2D.
W Anno 1800 archeolodzy i wielbiciele historii mogą spodziewać się w sumie dziewięciu różnych zestawów tematycznych, co stanowi dla nas doskonałą okazję do ukrywania żartów i nawiązań do innych odsłon serii Anno.